細胞工程是指應用細胞生物學和分子生物學的原理和方法，通過某種工程學手段，在細胞整體水平或細胞器水平上，按照人們的意愿來改變細胞內的遺傳物質或獲得細胞產品的一門綜合科學技術。根據細胞類型的不同，可以把細胞工程分為植物細胞工程和動物細胞工程兩大類。

根據研究生物類型不同，細胞工程可分為動物細胞工程、植物細胞工程、微生物細胞工程。