北大附中深圳南山分校創(chuàng)辦于2000年5月20日。由深圳市南山區(qū)教育局和北京大學(xué)附屬中學(xué)聯(lián)合創(chuàng)辦，是為明教育集團(tuán)開辦的第一所寄宿制國有民辦學(xué)校。 有六十多人以優(yōu)異成績先后考入英國劍橋大學(xué)、美國圖蘭大學(xué)、加拿大多倫多大學(xué)、澳大利亞悉尼大學(xué)、日本早稻田大學(xué)等國外知名學(xué)府深造，有二百多人考入國內(nèi)北大、清華、中國人大、香港大學(xué)等重點(diǎn)大學(xué)學(xué)習(xí)。

先后被評為：“廣東省一級學(xué)?！薄ⅰ皬V東省首屆十佳民辦學(xué)?！薄皣沂讓媒逃蒲邪購?qiáng)校”、“廣東省普通高中教學(xué)水平優(yōu)秀學(xué)?！?、“廣東省現(xiàn)代教育技術(shù)實(shí)驗(yàn)學(xué)?！?、深圳市2011-2014年（高爾夫）體育傳統(tǒng)項(xiàng)目學(xué)校、“南山區(qū)教育現(xiàn)代化示范校”、“南山區(qū)泛在學(xué)習(xí)實(shí)驗(yàn)學(xué)校”。